Ruang kantor terdapat di di Gedung 1 dan Gedung 2. Pada Gedung 1 (Gedung Sujudi), ruang kantor meliputi ruangan seluas 11.605,48 m2 yang berada pada lantai dasar (1) sampai lantai 15. Pada Gedung ini sebagian besar untuk aktifitas perkantoran beberapa Biro di lingkunagn Sekretariat Jenderal. Pada Gedung 2 (Gedung Adyatma), ruang kantor meliputi ruangan seluas 38.258 m2 yang berada pada lantai dasar (1) sampai lantai 8 dan lantai atap.
Gedung Sujudi :
1. Lantai 1 merupakan lobbi, receiptionist yang menerima tamu dari luar yang akan berkunjung ke Biro/Pusat yang berada di bawah Setjen Kementerian Kesehatan.
2. Lantai 2 merupakan ruang Auditorium Siwabessy yang dipergunakan untuk rapat-rapat besar di lingkungan Kementerian Kesehatan dan juga untuk kegiatan-kegiatan kedinasan Kementerian Kesehatan.
3. Lantai 3, ruang rapat biro umum. Dipergunakan untuk rapat di lingkungan Biro Umum.
4. Lantai 4 merupakan jembatan penghubung kedua gedung dan juga akses ke parkir.
5. Lantai 5 merupakan unit pelayanan terpadu dan juga masjid.
6. Lantai 6 merupakan wisma yang dipergunakan bagi karyawan yang berasal dari daerah yang akan menginap di Jakarta. Wisma terdiri 10 ruangan (single bad/2 orang), sehingga daya tampung 20 orang.
7. Lantai 7 sampai lantai 15 merupakan ruang perkantoran /administrasi.
Gedung Adhyatma :
1. Lantai 1-8 merupakan ruang kerja administrasi perkantoran, tidak ada pekerjaan keras atau berkaitan dengan mesin.
2. Lantai 9 sebagian ruang perkantoran(blok A) sebagian roof top dan ruang mesin AC dan Lift .
Aktifitas kantor Kementerian Kesehatan RI meliputi beberapa kantor/Ditjen berada di Gedung 1 (Gedung Sujudi) dan Gedung 2 (Gedung Adyatma) yaitu :
1. Kantor Menteri Kesehatan, Lantai 1 Gedung Adyatma Blok A
2. Kantor Staf Ahli Menteri, Lantai 2 Gedung Adyatma Blok A
3. Inspektorat Jenderal, Lantai 2 Gedung Adyatma Blok A
4. Sekretariat Jenderal, Lantai 2 Gedung Adyatma Blok A
5. Direktorat Jenderal Bina Upaya Kesehatan, Lantai 2 Gedung Adyatma Blok B.
6. Direktorat Jenderal Bina Gizi dan Kesehatan Ibu dan Anak, Lantai 2 Gedung Adyatma Blok B.
7. Direktorat Jenderal Pelayanan Kefarmasian dan Alat Kesehatan, Lantai 2 Gedung Adyatma Blok B.
8. Direktorat Jenderal yang lain dan Badan di lingkungan Kementerian Kesehatan berkantor ditempat lain di luar Gedung Kesehatan RI. Jumlah total pegawai yang bekerja pada Gedung Kemenkes hingga saat ini Gedung Sujudi sekitar 1.136 pegawai (567 pria, 569 wanita) dan Gedung Adyatma sekitar 1.426 pegawai (606 pria, 820 wanita), sehingga total pegawai sekitar 2.562 pegawai (1.173 pria, 1.389 wanita). Struktur organisasi Kementerian Kesehatan adalah seperti dicantumkan pada Gambar 2-6.